Федерация Футбола Молдовы (ФФМ) была основана 14 апреля 1990 года, однако история национального футбола берет свое начало гораздо раньше. До этого Молдова была одной из 15 республик Советского Союза, а местная ассоциация входила в состав Федерации футбола СССР.

Только что созданной ФФМ в первую очередь необходимо было решить три задачи: организовать национальный чемпионат, вступить в международную футбольную семью и создать все условия для сборной. 

В сезоне 1990/91 молдавские клубы продолжали выступать в советских лигах, зато национальная команда 2 июля 1991 года провела против сборной Грузии первый поединок на международной арене. Молдова тогда уступила дома со счетом 2:4, а спустя год сыграла вничью 1:1 с литовцами. Официально же ФФМ стала частью в мирового футбольного сообщества, когда была принята в УЕФА и ФИФА. Произошло это в 1993 и 1994 годах соответственно, после чего местный футбол получил толчок для развития.

Первую из поставленных задач ФФМ решила в марте 1992-го, когда начался розыгрыш первого чемпионата Молдовы. В нем участвовали 12 клубов. Тогда же были проведены первые матчи на кубок страны, побороться за который решили 32 команды. Молдавский футбол переживал первый подъем.

Развитие национального футбола продолжилось в августе 1993 года, когда молдавские клубы дебютировали на европейской арене. Первым от Молдовы в Лиге чемпионов УЕФА в борьбу вступил "Зимбру". Через год в центре внимания оказалась национальная команда. 7 сентября 1994 года сборная Молдовы встречалась с грузинами в Тбилиси. Это был первый матч квалификации ЕВРО-96, который гости выиграли со счетом 1:0. Последующие поединки с командами Германии, Италии и Англии дали бесценный опыт молдавской сборной, которая в 2008 году поднялась на 37 место в рейтинге ФИФА.

Забота ФФМ о детско-юношеском и любительском футболе также дала свои плоды. В 2002 году в Дании сборная Молдовы приняла участие в финальной стадии чемпионата Европы среди юношей до 17 лет, а впоследствии молодежная сборная сумела обыграть сверстников из Германии, Израиля, Норвегии и сыграть вничью с командами Англии, Румынии и Нидерландов. Большую пользу принесли также программа "Гугуцэ" для детей 5-13 лет, розыгрыш Кубка Молдовы для футболистов не старше 16 лет и улучшенное финансирование самого популярного вида спорта.

Прогресс достигался не только на футбольном поле, но и за его пределами. При поддержке ФИФА и УЕФА были реализованы многие проекты, улучшившие спортивную инфраструктуру. В 1998 году ФФМ перебралась в новый офис, было уложено множество полей с искусственным покрытием, а в 2002 году был сдан в эксплуатацию Центр для подготовки национальных команд. Результатом совместных усилий проекта УЕФА HatTrick и программы ФФМ "Все вместе" стало появление более чем 60 мини-полей.

Занявшись развитием инфраструктуры, по пути сборной пошли и молдавские клубы. Спортивный комплекс тираспольского "Шерифа", построенный в 2002 году, считается одним из лучших в Европе, а в 2006 году были построены новый стадион и тренировочная база "Зимбру". Все это делается с целью создать для нового поколения футболистов такие условия, чтобы они смогли пойти по стопам Игоря Добровольского, который стал чемпионом Олимпиады-1988 в Сеуле, а в начале 90-х был одним из ведущих футболистов сборной СССР.