Футбольный союз Черногории (ФСЧ) был основана 8 марта 1931 года в исторической столице балканского государства Цетине. Организация действовала под крылом Футбольной ассоциации Югославии на правах одного из десяти органов, управлявших игрой на территории королевства Югославии.

С момента основания союза до начала Второй мировой войны в Черногории было зарегистрировано 105 клубов. К 1941 году пять из них становились золотыми призерами чемпионата страны, а три до сих пор продолжают существование: "Будчность" из Подгорицы, "Арсенал" из Тивата и "Ловчен" из Цетине. При этом, основанный в 1913 году "Ловчен" является старейшим клубом на Балканах.

После войны изменились принципы управления футбольным хозяйством в стране. С 5 августа 1945 года за него отвечал Футбольный совет Черногории, который 6 декабря 1948-го превратился в Футбольную федерацию Черногории. Она продолжила работу под эгидой югославской ассоциации, хоть и с чуть большими полномочиями.

После того, как "Будучность" победила в чемпионате 1946 года, опередив "Ловчен", "Сутьеску" и "Арсенал", клубы получили право принять участие в первом послевоенном розыгрыше элитного дивизиона Югославии-1946/47. Самой успешной в югославскую эру среди черногорских команд была "Будучность". Клуб из Подгорицы дважды выходил в финал Кубка Югославии, где в 1965 году уступил загребскому "Динамо" (1:2), а в 1977 году сплитскому "Хайдуку" (0:2). Единственным другим представителем Черногории в высшем эшелоне югославского первенства была "Сутьеска", которая вместе с "Будучностью" в поздние годы успела принять участие в Кубке Интертото.

Черногорские клубы, в частности "Будучность", являлись поставщиками талантливой молодежи в ведущие команды Югославии. Самыми яркими примерами тому служат Деян Савичевич и Предраг Миятович. Савичевич выиграл Кубок европейских чемпионов в 1991 году в составе "Црвены Звезды", а в 1994 году - с "Миланом". Миятович же стал автором победного гола в финале Лиги чемпионов УЕФА-1997/98, когда европейская корона после 32 лет вернулась к "Реалу". Помимо них "Будучность" воспитала таких футболистов, как Бранко Рашович, Зоран Филипович, Анте Мирочевич, Бранко и Драголюб Брновичи, Драгое Лекович и Желько Петрович.

После распада социалистической федеративной республики Черногория оказалась частью Союзной Республики Югославия, на смену которой пришел Государственный Союз Сербии и Черногории. В этот период большинство черногорских клубов выступало в высшем дивизионе страны, а самой успешной командой была "Зета". В 2005 году она дошла до второго отборочного раунда Кубка УЕФА, а в 2006-м приняла участие в Кубке Интертото. "Зета" стала и первым чемпионом Черногории после обретения страной независимости в результате референдума в июне 2006 года. В сезоне 2006/07 она выиграла турнир для 12 команд, проходивший под эгидой новообразованного и независимого Футбольной союза Черногории (ФСЧ). В УЕФА и ФИФА организация была принята 26 января и 29 мая 2007 года соответственно.

Между двумя этими датами, а именно 24 марта 2007 года черногорская сборная дебютировала на международной арене победой в товарищеском матчем над венграми - 2:1. По голу в команде Зорана Филиповича забили Мирко Вучинич и Игор Бурзанович. Первый официальный матч был проведен 6 сентября 2008 года в Подгорице в рамках отборочного цикла чемпионата мира-2010. Тот поединок с болгарами завершился вничью - 2:2. Первая победа в официальной встрече датируется 10 октября 2010 года в домашнем поединке с грузинами - 2:1. В составе сборной выделяются нападающий "Ромы" Мирко Вучинич, молодой Стеван Йоветич из "Фиорентины" и полузащитник "Спортинга" Симон Вукчевич. Наличие перспективной молодежи позволяет черногорцам смотреть вперед с оптимизмом.