Надежной игрой в составе "Наполи" Фабио Каннаваро доказал обоснованность своих претензий на место в молодежной сборной Италии к концу ее кампании в чемпионате Европы-1994. Дебютным для защитника стал четвертьфинальный поединок с командой Чехословакии, который завершился в пользу итальянцев - 3:0. Еще одна "сухая" победа была одержана в полуфинальном противостоянии со сборной Франции. В решающем поединке "скуадра адзурра" встретилась со сверстниками из Португалии.

Команда, в составе которой играли Луиш Фигу, Руй Кошта и Са Пинту, представляла собой грозную силу, однако оборона итальянцев во главе с Каннаваро сдержала атакующий натиск соперника после чего в дополнительное время "скуадра адзурра" вырвала золото благодаря голу Пьерлуиджи Орландини. Два года спустя 176-сантиметровый Каннаваро оказался в "Парме". Из-за его низкого роста многие футбольные специалисты сильно сомневались в будущем центрального защитника, однако футболист посрамил скептиков, пропустив всего один матч финальной стадии молодежного первенства 1996 года. Каннаваро со стороны наблюдал за полуфинальной встречей с французами, но в финале вновь вышел на поле, где в центре обороны составил пару Алессандро Несте и выиграл второе золото ЧЕ среди футболистов не старше 21 года. Тогда в Барселоне итальянцы в серии пенальти переиграли хозяев первенства испанцев.

Несколько месяцев спустя Каннаваро провел первый матч в главной команде страны, а начиная с ЧМ-1998 не пропустил ни одного крупного турнира вплоть до триумфального ЧМ-2006. На мундиале в Германии ему довелось исполнять обязанности капитана национальной команды. Финальный поединок с французами символично стал для Каннаваро сотым в составе сборной. В том же году защитник был признан игроком года в Европе. Лишь травма помешала ему принять участие в финальной стадии ЕВРО-2008™, который стал бы для него шестым крупным турниром кряду.